terça-feira, 27 de setembro de 2011

Instruções novas para TMB

Turma, atenção: os seminários estão numa ladeira abaixo, cada vez mais fracos. E algumas vezes fora do tema. Isso nãopode continuar, como já comentei num dos posts anteriores.

Nesta sexta feira, 30/09,  a Georgia vai estar com vocês e todos deverão trabalhar juntos durante a aula, cada grupo no seu tema, trocando idéias inclusive entre si. A presença é OBRIGATÓRIA!!. Faltas serão punidas com perda de pontos ao final da disciplina.

No dia 7 serão re-apresentados os dois seminários de PCR e RT-PCR: aplicações. O primeiro estava razoável, mas pode melhorar e o outro não vi mas a avaliação foi negativa. Eu estarei presente e depois das apresentações vou ver o que faço para continuar. Não gosto quando alguns alunos levam a disciplina sem empenho e prejudicam os outros e vamos conversar sobre isso.

Paulo Andrade

sábado, 24 de setembro de 2011

Seminários de TMB: ajustes urgentes são necessários

Aos alunos da disciplina: o penúltimo seminário podia ser melhor e o último, definitivamente, foi insatisfatório: além de fora do tema (deveria ser aplicações de RT-PCR e não a técnica em si), foi sumário.
Assim não podemos continuar. Na sexta feira vou passar instruções a vocês. Até quarta às 10h, na sala 4, receberei formas atualizadas dos seminários e tetos anteriores, exceto o último. Para este quero que os alunos me enviem um rascunho para andrade@ufpe.br
Da forma como vai a coisa, teremos não uma, mas várias avaliações escritas pelo caminho.
Paulo

quinta-feira, 15 de setembro de 2011

Aprovado o feijão transgênico da EMBRAPA

Acaba de ser aprovada por 15 votos favoráveis, uma abstenção e 6 votos por diligência a liberação comercial do feijão geneticamente modificado para resistência ao vírus mosaico do feijoeiro desenvolvido pela EMBRAPA.

terça-feira, 13 de setembro de 2011

Genética Molecular - Novo cronograma


Dia
Assunto
5/09
Controle da expressão gênica em eucariotos
7/09
Feriado
12/09
Não houve aula
14/09
1ª. Avaliação  
19/09
Mutação e Reparo
21/09
PCR e RT-PCR 
26/09
Aplicações do PCR 1
28/09
Aplicações do PCR 2  e Sequenciamento de DNA
3/10
Clonagem gênica: bibliotecas genômicas/construção, triagem, usos
5/10
Clonagem gênica: bibliotecas de cDNA/construção, triagem, usos
10/10
Transgenia
12/10
Feriado
17/10
Genomas (montagem)  e transcriptomas: (bancos de dados)
19/10
Genes nos genomas: visão geral e vírus
24/10
Genes nos genomas: bactérias
26/10
Genes nos genomas: eucariotos
31/10
Genes nos genomas:  organelas
02/11
Feriado
07/11
2ª. Avaliação
09/11
Ferramentas bioinformáticas na consolidação do conhecimento de genética molecular – parte I
14/11
Não haverá aula
16/11
Parte II
21/11
Parte III
23/11
Parte IV
28/11
Parte V
30/11
3ª. Avaliação (ou entrega de relatórios)
05/12
Aula optativa: revisão geral
07/12
Segunda chamada
12/12
Aula vaga
14/12
Final
19/12



Mais perguntas B-Z


Pergunta:  Por que posso considerar a conversão das formas B em Z do DNA e vice-versa como uma forma de controle da expressão gênica?
Resposta: A conformação Z do DNA é considerada inativa, pois seus genes não podem ser expressos. A conversão desta forma na forma B permite que os genes contidos neste trecho de DNA possam ser transcritos (expressos). Isso caracteriza um tipo de controle de expressão gênica de grandes blocos de genes.

Pergunta: Mas, por que não é possível expressar o gene contido num trecho de DNA na forma Z? 
Resposta: Porque as RNA polimerases não tem acesso aos promotores nesta forma, por causa do formato da fenda única deste modelo e pelo seu giro, no sentido contrário ao do DNA B.

domingo, 11 de setembro de 2011

Mais Pergunta & Resposta


Pergunta: A enzima ligase faz parte do complexo enzimático DNA-Pol-III??? 
Por que parando pra pensar, fiquei em dúvida quanto a quem faz a ligação da fita contínua ao fragmento de Okazaki que vem diante dele quando duas forquilhas de replicação se encontram (sic).
Resposta: A ligase não faz parte do replicossomo. Ela aparece depois que o replicossomo avança dentro da forquilha de replicação e que as DNA polI já substituíram os primers de RNA por DNA. Sua função é emendar um fragmento de Okasaki recém adicionado (ainda com primer na extremidade 5´) com o fragmento de Okasaki já sem primer que está abaixo (3´) deste.

quinta-feira, 8 de setembro de 2011

O que é RFLP?


Pergunta:  eu queria saber qual é a tradução mais correta para "Restriction site polymorphisms (RSPs)"

Resposta: Polimorfismos dos sítios de restrição. Mas a sigla comum é RFLP, restriction fragment length polymorfisms, que significa polimorfismo dos comprimentos de fragmentos de restrição. Esta sigla faz referência aos fragmentos de DNA que são gerados pela digestão de uma um DNA por uma ou mais enzimas de restrição, separados por eletroforese, transferidos para um gel e revelados (alguns deles apenas) por uma sonda de DNA dirigida a uma sequência específica na técnica chamada Southern blot.




terça-feira, 6 de setembro de 2011

Genética Molecular - Sinopse do controle da expressão gênica em eucariotos


Os eucariotos dispõem de muitos recursos para o controle da expressão de seus genes que não estão presentes nos organismos procariotos. A complexidade da regulação neste grupo de seres vivos é uma necessidade imposta pela complexidade da própria célula eucariota, com seus vários compartimentos e, nos metazoários, pela complexidade da diferenciação em tecidos e órgãos.
A figura abaixo resume sete dos principais pontos de regulação da expressão gênica.

Comecemos a discussão pelo ponto 1. Toda transcrição em eucariotos depende
a)      da existência de uma região no DNA chamada promotor e de regiões acima do promotor (elementos proximais do promotor) que incluem uma caixa CAT e, acima dela, uma região rica em G e C.
b)      de proteínas que reconheçam estas regiões e permitam a transcrição
c)       Na Escherichia coli já vimos que o promotor é ligado pela RNApol, mais especificamente ao fator sigma desta proteína multimérica.
d)      Em eucariotos o promotor deve ser sinalizado para as RNA polimerases (há pelo menos 3 tipos delas) por várias proteínas reguladoras. Portanto, todo promotor está, em princípio, invisível às RNApol, a menos que seja ligado por proteínas que “mostrem” à RNApol que ele existe. Assim, todo controle é “positivo”.
e)      Como são as proteínas que se ligam a DNA (no promotor e em outras regiões)? Antes de tudo lembremos que estas proteínas devem ter um ou mais de 4 domínios
-  Um domínio que ligue a proteína ao DNA, numa sequência específica
-  Um domínio que liga a proteína a uma ou mais proteínas diretamente envolvidas na transcrição (RNApol ou proteínas a ela associadas)
-  Um domínio que ligue a proteína `s suas vizinhas também ligadas ao DNA
-  Um domínio que direta ou indiretamente influencia a condensação da cromatina
-  Um domínio que funcione como um sensor fisiolõgico dentro da célula
As duas figuras a seguir mostram como proteínas reguladoras podem se ligar ao DNA.

Nesta primeira figura vemos uma proteína de estrutura relativamente simples, formadas por duas hélices e uma volta ligando as duas (“helix-turn-helix”).O motivo (pequena estrutura molecular que se repete em muitas moléculas) está mostrado em (A), cada círculo branco representa o átomo central de um aminoácido. A a-hélice C-terminal (em vermelho) é denominada hélice de reconhecimento porque participa no reconhecimento de uma sequência específica de DNA.  Como mostrado em (B), esta hélice encaixa na fenda maior do DNA, onde pode contactar as arestas laterais dos pares de bases. A segunda a-hélice, neste caso N-terminal, auxilia na ligação da primeira hélice ao DNA, mas pode também funcionar como um sítio de reconhecimento de outras moléculas que vão se ligar posteriormente a este ponto do DNA. (fonte:www.ncbi.nlm,.nih.gov/Books).
Outra classe de proteínas ligadoras de DNA é representada pelos “dedos de zinco” ou zinc fingers. Ela está representada no exemplo da figura abaixo.

Esta proteína pertence à família Cys-Cys-His-His de proteínas “zinc finger” (dedo de zinco), designadas assim por causa dos aminoácidos que seguram o átomo de zinco. (A) Desenho esquemático  da sequência de amináicods de im zinc finger de uma proteína de sapo desta família. (B) Estrutura tri-dimensional deste tipo de zinc finger, constituída de uma folha beta anti-paralela (do aminácido 1 ao 10), seguida de uma alfa-hélice (do aminoácido 12 ao 24). Os quatro aminoácidos que se ligam ao zinco (Cys3, Cys6, His19 e His23)  mantêm fortemente ligadas as extremidades da alfa-hélice e da folha beta. Adaptado de M.S. Lee et al., Science 245:635–637, 1989).
Uma vez que temos idéia de como são as proteínas que ligam DNA para a regulação da expressão (há muitos outros tipos, estes são apenas dois exemplos de proteínas bem freqüentes), podemos prosseguir com nossa discussão. A regulação da transcrição em eucariotos é, como comentado, muito mais complexa que em procariotos.
Primeiro: Nos eucariotos existem proteínas regulatórias que se ligam ao DNA muitos milhares de bases antes (ou depois) de um promotor. Um mesmo promotor pode assim ser controlado por muitas diferentes proteínas ligadas em regiões afastadas dele.
Segundo: há várias RNA polimerases no eucarioto. A RNApol II, que transcreve todos os genes que codificam proteínas, não inicia sozinha seu trabalho. Como dito antes, ela precisa de fatores gerais de transcrição, que precisam se agrupar sobre o promotor e em sua vizinhança para permitir o início da transcrição. A multiplicidade de proteínas permite um controle fino da transcrição, inclusive de sua taxa.
Terceiro, o empacotamento do DNA na cromatina cria novas oportunidades de regulação que não existem em bactérias.
Estas formas de regulação estão diagramaticamente representadas nas figuras a seguir.

Nesta figura as regiões controladoras no DNA estão representadas numa linha, uma após a outra, apenas para fins didáticos. Sequências reguladoras antes do gene, chamadas algumas vezes de enhancers, podem também aparecer depois do gene, e permitem a ligação de várias proteínas reguladoras. Fatores de transcrição gerais se ligam ao promotor e à própria RNA pol II e permitem a transcrição do gene, que é muito mais eficiente se as sequências reguladoras (positivas) estiverem ligadas por suas proteínas reguladoras.
Imagina-se que o DNA sofre uma torção na cromatina e várias destas proteínas entram em contato umas com as outras, como mostrado na figura abaixo.

Na figura acima está esquematicamente representada a ligação de várias proteínas reguladoras e fatores de transcrição ao DNA e à RNApol, nas proximidades do promotor de um determinado gene. A ligação de todas as proteínas do complexo força uma dobra do DNA e dispara a transcrição do RNA, transcrito primário do gene.
O eucarioto também não despreza a repressão, que pode agir de várias formas distintas, como mostrado na figura abaixo.


Há também, como comentado, um extenso processo de remodelação da cromatina, que depende de complexos protéicos remodeladores e também do processo de acetilação de histonas, que é universal em eucariotos e comanda boa parte das alterações estruturais de cromatina ligadas ao controle da expressão gênica (atenção, isso nada tem a ver com as conformações B e Z). A figura abaixo esquematiza este processo.
Podemos então finalizar esta sinopse tomando a primeira figura para adicionar algumas informações novas e deixar que sirva de roteiro para o garimpo de informações nos livros textos.

Genética Molecular - Versão 2 do cronograma de aulas/avaliações



Dia
Assunto
5/09
Controle da expressão gênica em eucariotos
7/09
Feriado
12/09
Mutagênese e reparo
14/09
1ª. Avaliação  
19/09
PCR e RT-PCR 
21/09
Aplicações do PCR 1
26/09
Aplicações do PCR 2
28/09
Sequenciamento de DNA
3/10
Clonagem gênica: bibliotecas genômicas/construção, triagem, usos
5/10
Clonagem gênica: bibliotecas de cDNA/construção, triagem, usos
10/10
Transgenia
12/10
Feriado
17/10
Genomas (montagem)  e transcriptomas: (bancos de dados)
19/10
Genes nos genomas: visão geral e vírus
24/10
Genes nos genomas: bactérias
26/10
Genes nos genomas: eucariotos
31/10
Genes nos genomas:  organelas
02/11
Feriado
07/11
2ª. Avaliação
09/11
Ferramentas bioinformáticas na consolidação do conhecimento de genética molecular – parte I
14/11
Não haverá aula
16/11
Parte II
21/11
Parte III
23/11
Parte IV
28/11
Parte V
30/11
3ª. Avaliação (ou entrega de relatórios)
05/12
Aula optativa: revisão geral
07/12
Segunda chamada
12/12
Aula vaga
14/12
Final
19/12


sábado, 3 de setembro de 2011

Z e B

Pergunta: o mesmo DNA pode ter as configurações B e Z?


Resposta: Sim: um mesmo cromossoma, que é uma fita dupla longa de DNA, pode ter trechos na configuração Z e outros na B e eles podem mudar de configuração ao longo da vida da célula muitas vezes.

quinta-feira, 1 de setembro de 2011

SIGA lista alunos de TMB

Por favor indiquem quem falta na lista:


ANDERSON DE SOUZA
DANIEL RODRIGO CAVALCANTE DE ARAUJO
DIEGO SANTA CLARA MARQUES
FILIPE AUGUSTO SILVA RIBEIRO
GUSTAVO DO REGO SOUZA
JOHNVEKSON HERMINIO RODRIGUES
JOSE PEDRO PEREIRA DE LIMA
LUCAS DE FARIAS CORDEIRO SIQUEIRA ALENC
LYLYAN FRAGOSO PIMENTEL
MILENA DE SOUZA FERREIRA

Genética Molecular - tema Mutagênese e Reparo